Murat Reis’in doğum tarihi kesin olarak bilinmemektedir. Kendisi hakkında bilgiler Piri Reis’in Kitab-ı Bahriye adlı kitabı ile Barbaros Hayrettin Paşa’nın Hatıralarından elde edilmektedir. Murat Reis Arnavut kökenli bir denizcidir. Kanarya adalarına 1585 yılında yaptığı seferler ile elde ettiği başarılar sonucunda tanınmıştır. 

Asıl ününü 16.yüzyıl ve sonlarında elde etmiştir. Cezayir Büyük Amiralliğinde görev almıştır. Kanuni Sultan Süleyman zamanında Osmanlı donanmasına girmiştir. Murat Reis bünyesinde görev alan Muhiddin Piri Reis pek çok savaşta Murat Reis ile birlikte önemli başarılar elde etmiştir. Ünlü deniz muharebesi olan Barbaros Hayrettin Paşa’nın Andrea Doria liderliğindeki haçlı donanması ile yaptığı 1538 yılındaki Preveze Deniz Savaşı’nda Turgut Reis’in kumandasında Murat Reis de yer almıştır. Preveze Deniz Savaşı’nda gösterdiği başarı sonucunda ünü artmıştır. Bu savaştan sonra Turgut Reis’in yanından ayrılmayarak pek çok savaşa Turgut Reis ile birlikte katılmıştır. 

Başarıları sonucunda Arap Yarımadası’nda yer alan Necit’te Katif Sancakbeyliği ’ne getirilmiştir. Osmanlı Devleti’nin Hint Deniz Seferlerine başladığı yıllarda Kanuni Sultan Süleyman tarafından Hadım Süleyman Paşa komutasında bir donanma da gönderilmişti. Bu seferde Hint Müslümanlarına baskı ve zulüm gösteren Portekizlilere Osmanlı Devleti tarafından saldırıda bulunulmuştur. Bu saldırı ile birlikte Hint Müslümanları kurtarılmıştır. 

Hadım Süleyman Paşa’dan hemen sonra Hint donanma kaptanlığına Piri Reis getirilmiştir. Tam da bu dönemde Katif’te bulunan Murat Reis, Katye Sancakbeyliğine atanmıştır. Piri Reis’in Portekiz donanması karşısında geri çekilmesi ve donanmanın belli bir kısmını 1552 yılında Basra’da bırakması sonucunda Kanuni Sultan Süleyman’ın fermanı ile Piri Reis idam edilmiştir. Bunun üzerine 1552 yılında Mısır kaptanlığına Piri Reis’ten sonra Murat Reis atanmıştır. Hint kaptanlığına getirilen Murat Reis, Piri Reis tarafından Basra’da bırakılan gemileri onartmıştır. Kızıldeniz’e ulaştırmak amacıyla 26 parça gemiyi büyük bir özveri ile onartmıştır. 8 gemi Basra’da bırakılmış, 18 parça gemi de Şattularap’tan yola çıkarılmıştır. 

Basra körfezini geçtikten sonra Hürmüz boğazından Aden’e çıkan donanma, Umman kıyısında yol alırken 25 gemiden oluşan Portekiz donanması ile karşılaşılmıştır. Yapılan savaş sonucunda iki taraf için de kesin bir galibiyet elde edilememiştir. Portekiz ve Osmanlı gemilerinden bazıları denizin dibini boylamıştır ve Portekiz donanması Hindistan’a çekilmiştir. Hindistan’a çekilen Portekiz donanmasını takip etmeyi gereksiz bulan Murat Reis, Basra’ya geri dönmüştür. 

Osmanlı Devleti tarafından bu hamle başarısızlık olarak değerlendirilmiş ve Murat Reis, Hint kaptanlığından azledilmiştir. 1554 yılında Hint kaptanlığı görevi Seydi Ali Reis’e verilmiştir. Murat Reis, Padişah 1.Ahmet döneminde Mora Sancakbeyi görevini ifa etmiştir. 1609 yılında “Kara Cehennem Cengi” olarak adlandırılan deniz savaşında Maltalılarla savaşmıştır. Bu savaşı Osmanlılar kazanmıştır ancak savaşta ağır yaralanan Murat Reis, 103 yaşında şehit olmuştur. Murat Reis’in mezarı Rodos adasında bulunmaktadır.